Estas mezclando versiones.En la 4.0 no se usaba todavía SOLR, se usaba Lucene. Así que tienes que configurar:
# The location for lucene index files
dir.indexes=/datos/alfapp/lucene-indexes
# The location for index backups
dir.indexes.backup=/datos/alfapp/backup-lucene-indexes
# The location for lucene index locks
dir.indexes.lock=/datos/alfapp/locks
index.recovery.mode=AUTO
La carpeta keystore
tampoco existía, así que obviamente puedes borrarla.Finalmente, si tienes un alfresco.war
puedes borrar el directorio alfresco
porque lo generará Tomcat automáticamente en el arranque (descomprimiéndolo de alfresco.war).Quizá sería mejor que hicieses una instalación limpia de tu versión y comparases con los ficheros que tienes. Puedes descargarla en https://wiki.alfresco.com/wiki/Community_file_list_4.0.d
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